化工制药废水如果浓度比较高的话，也会具有更强的生物毒性，很难生化，想要将废水毒性进行有效的降低可以对其进行物化处理，将其可生化性增强从而为后续处理工艺正常进行提供保障。为了让排放尽量符合标准，也可以使用物化处理的方式来处理那些很难达标的废水。例如吸附、高级氧化、混凝沉淀等都是比较常见的化工制药废水处理物化工艺。

近年来在化工制药废水处理方面发展非常迅速，研究出了许多新技术，尤其是高级氧化这方面的研究成效卓然。

对于湿式氧化法来说，利用制药发酵液来进行处理以后可以有效地降低微生物毒性，从而极大地改善了制药生化性。气浮、反渗透、沉淀、吸附等都是化工制药废水处理常见的方法。

另外，生物法。好氧生物处理早于上世纪40年代的时候就已经在废水抗生素处理中得到了应用；生物处理技术得到了很大进步；70年代的时候在生物滤池、曝气、接触氧化等多种化工制药废水处理工艺中均广泛应用了生化处理。

而循环式活性曝气等各种变形以及SBR工艺于80年代之后也纷纷被研发出来，并且在活性污泥中获得了良好的效果。针对SBR以及CASS等工艺没有普遍利用在制药废水处理中的问题，人们已经开始了针对性的研究，因为好氧生物处理工艺对进水的要求比较特殊，其中只能含有很低的COD浓度，所以必须要稀释进水才能有效提高化工制药废水处理中生物处理技术的应用率。

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